承担涉密业务的范围不同。甲级资质单位可以在全国范围内开展涉密业务；乙级资质单位则限定在注册地的省、自治区、市行政区域内开展涉密业务。申请条件不同。甲级资质单位的要求更为严格，涉及注册资本、系统集成收入总金额、人员数量和资格等方面；乙级资质单位的要求相对较宽松。
总结而言，涉密资质甲级与乙级的区别主要体现在承接业务的密级范围和地域限制上，甲级资质单位在业务范围和密级上享有更广泛的权限，同时要求也更高。【法律依据】《涉密信息系统集成资质管理办法》第八条至第十条。
集成业务的涉密等级不同，甲级资质单位可承担绝密、机密、秘密级集成业务，而乙级资质单位仅限于机密、秘密级。甲级资质单位的涉密业务覆盖全国，乙级则限于注册地省（区、市）。涉密资质证书有效期为五年，若企业需继续从事涉密集成业务，应在有效期届满前三个月内提出延续申请。未申请延续的需重新申请资质。
甲级资质单位可在全国范围内从事涉密系统集成业务。乙级资质单位仅限在所批准的省、自治区、直辖市所辖行政区域内从事涉密系统集成业务。
在申请涉密信息系统集成资质的过程中，不同等级的资质在申请、受理、审批和组织机构建立等方面存在显著差异。
涉密信息系统集成资质认证的现场审查现场审查评分满分为100分，达到80分（含） 以上为通过现场审查。武器装备科研生产单位保密资格认证的现场审查评分满分为500分，达到450分（含）以上为符合标准。认证阶段不同 涉密信息系统集成资质认证包括申请受理、书面审查、现场审查、专家评审和授予等5个阶段。
评分标准亦有区别：保密资格现场评审满分500分，450分及以上即达标；保密信息系统资格认证现场评审满分为100分，80分及以上通过。最后，申请条件两者各有侧重，企业应根据自身业务需求选择适合的资格。在符合条件的情况下，两者可并行申请处理。
以下简称申请单位），须经有关国家保密工作部门审批，授予《资质证书》。涉密系统集成资质依据其资本构成、人员构成、技术水平、服务水平和安全保密设施等要素进行综合评定。涉密集成资质分为甲级和乙级两个等级。
保密资质认证包括资格认定、审核、申请受理、现场审查和审批等5个阶段。 评分标准不同。涉密信息系统集成资质认证的现场审查现场审查评分满分为100分，达到80分（含） 以上为通过现场审查。保密资质认证的现场审查评分满分为500分，达到450分（含）以上为符合标准。
其中，涉密信息系统集成资质管理办法规定了以下内容：涉密信息系统集成企业资格的认定标准。涉密信息系统集成企业应当具有国家计算机信息系统集成三级资质，并经过保密资格审查合格，才能从事涉密信息系统集成工程的设计、施工、调试等工作；涉密信息系统集成企业资格的认定程序。
1、涉密信息系统集成资质由国家保密局主管。武器装备科研生产单位保密资格由国家保密局、总装备部和国家科技工业局主管。评分标准不同 涉密信息系统集成资质认证的现场审查现场审查评分满分为100分，达到80分（含） 以上为通过现场审查。
2、不一样啊，涉密系统甲级资质的单位可在全国范围内承接涉密信息系统的规划、设计和实施业务，并可承担本单位承建的涉密信息系统的系统服务和系统咨询工作，不得从事其它单项资质业务。三级军工保密资格单位具备承担秘密级项目科研生产任务的资格。
3、概念不同 保密资质：全称为武器装备科研生产单位保密资格。保密资格认证是国家对武器装备科研生产单位的保密基本条件的评价和认可，是企事业单位承担涉密武器装备科研生产任务的必要条件。涉密资质：全称为涉密系统集成资质。该资质是从事涉及国家秘密的计算机信息系统集成业务的单位需要取得的。
4、认证阶段不同涉密信息系统集成资质认证包括申请受理、书面审查、现场审查、专家评审和授予等5个阶段。保密资质认证包括资格认定、审核、申请受理、现场审查和审批等5个阶段。
